Kerkmagazine is onafhankelijk, niet gebonden aan welke kerkelijke denominatie of organisatie dan ook. De eindredactie van Kerkmagazine is in handen van Kees Posthumus. De redactie bepaalt onafhankelijk van de uitgever welke onderwerpen aan de orde komen in Kerkmagazine. Om de onafhankelijkheid en journalistieke kwaliteit te waarborgen, is het advertentiebeleid eveneens los gekoppeld van de redactie. Bij het behandelen van onderwerpen hebben adverteerders een streepje voor, bij ‘gebleken gelijke geschiktheid’.
Kerkmagazine verschijnt vijf maal per jaar; vier maal als Kerkmagazine voor beheerders van kerken, één maal per jaar als special voor diaconieën. De special draagt daarom de naam Diaconie Magazine.
